Team Magma ist eine Verbrecherorganisation in Hoenn die Pokémon für kriminelle Zwecke missbraucht. Der Gegenspieler zum Team Magma ist das Team Aqua. In den Spielen sind die beiden Teams verfeindet und versuchen sich gegenseitig auszuspielen. In Pokémon Rubin ist Team Magma die böse Organistation, die versucht, das Urzeit-Pokémon Groudon zu wecken. Mit Groudons Hilfe will Teamleiter Marc die Landmassen um Hoenn vergrößern. In Pokémon Saphir stellt Team Magma die gute Organisation dar, die versucht die fanatischen Machenschaften von Team Aqua zu vereiteln.
In Pokémon Smaragd sind beide Teams dem Spieler gegenüber feindlich gesinnt und man muss sich ihnen stellen, um ihre Pläne zu vereiteln.
